The effect of 16S rRNA region choice on bacterial community metabarcoding results

Юрий Букин, Юрий Галачьянц, Игорь Владимирович Морозов, Сергей Букин, А. Захаренко, Тамара Земская

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданияхстатья

Аннотация

In this work, we compare the resolution of V2-V3 and V3-V4 16S rRNA regions for the purposes of estimating microbial community diversity using paired-end Illumina MiSeq reads, and show that the fragment, including V2 and V3 regions, has higher resolution for lower-rank taxa (genera and species). It allows for a more precise distance-based clustering of reads into species-level OTUs. Statistically convergent estimates of the diversity of major species (defined as those that together are covered by 95% of reads) can be achieved at the sample sizes of 10000 to 15000 reads. The relative error of the Shannon index estimate for this condition is lower than 4%.

Язык оригиналаанглийский
Номер статьи190007
Страницы (с-по)190007
Число страниц14
ЖурналScientific Data
Том6
DOI
СостояниеОпубликовано - 5 фев 2019

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «The effect of 16S rRNA region choice on bacterial community metabarcoding results». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать