Meta-analysis of ChIP-seq Datasets through the Rank Aggregation Approach

Semyon K. Kolmykov, Yury V. Kondrakhin, Ruslan N. Sharipov, Ivan S. Yevshi, Anna S. Ryabova, Fedor A. Kolpakov

Результат исследования: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаярецензирование

Аннотация

Understanding the basic mechanisms of transcription regulation is a major challenge in modern biology. Regulation of transcription is a complex process in which transcription factors (TFs) play a key role. Chromatin immunoprecipitation followed by high throughput sequencing is a widely and intensively used experimental technology for the identification of TF binding sites (TFBSs). Nowadays, there are tens or hundreds of ChIP-seq datasets measured for the same transcription factor. Meta-processing of such datasets into an integrated dataset is relevant. We have developed a novel method for creating these integrated datasets of TFBSs. This method consists of a three-stage application of the Rank Aggregation approach. The identified TFBSs can be sorted to further select the most reliable TFBSs. We have found a high saturation of site motifs in the most reliable TFBSs. We have also demonstrated that the most reliable TFBSs prefer to be located in open chromatin regions.

Язык оригиналаанглийский
Название основной публикацииProceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020
ИздательInstitute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
Страницы180-184
Число страниц5
ISBN (электронное издание)9781728195971
DOI
СостояниеОпубликовано - июл 2020
Событие2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020 - Novosibirsk, Российская Федерация
Продолжительность: 6 июл 202010 июл 2020

Серия публикаций

НазваниеProceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020

Конференция

Конференция2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020
СтранаРоссийская Федерация
ГородNovosibirsk
Период06.07.202010.07.2020

Предметные области OECD FOS+WOS

  • 1.02 КОМПЬЮТЕРНЫЕ И ИНФОРМАЦИОННЫЕ НАУКИ
  • 1.06 БИОЛОГИЧЕСКИЕ НАУКИ
  • 3.03 НАУКИ О ЗДОРОВЬЕ
  • 5.09 ПРОЧИЕ СОЦИАЛЬНЫЕ НАУКИ

Fingerprint

Подробные сведения о темах исследования «Meta-analysis of ChIP-seq Datasets through the Rank Aggregation Approach». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать