GPU Based Composite Elements Discovery in Large DNADatasets

Oleg Vishnevsky, Andrey Bocharnikov, Nikolay Kolchanov

Результат исследования: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаярецензирование

Аннотация

Composite elements play an important role in the regulation of transcription. Existing methods for the revealing of potential composite elements are usually based on assessment of the significance of the mutual presence of the predicted transcription factor binding sites using weight matrices or other methods trained on samples of binding sites of known transcription factors. Thus, such methods essentially depend on the completeness of training samples and information on existing TFs. We have proposed a method for de novo discovery of potential composite elements, which does not require preliminary information about the localization of potential TFBS. Using the proposed approach, context signals are identified in the ChIP-Seq dataset, which can correspond to potential composite elements.

Язык оригиналаанглийский
Название основной публикацииProceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020
ИздательInstitute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
Страницы135-138
Число страниц4
ISBN (электронное издание)9781728195971
DOI
СостояниеОпубликовано - июл 2020
Событие2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020 - Novosibirsk, Российская Федерация
Продолжительность: 6 июл 202010 июл 2020

Серия публикаций

НазваниеProceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020

Конференция

Конференция2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020
СтранаРоссийская Федерация
ГородNovosibirsk
Период06.07.202010.07.2020

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «GPU Based Composite Elements Discovery in Large DNADatasets». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать