Advanced data curation in GTRD database: Hierarchical dictionaries of cell types and experimental factors

Mikhail A. Kulyashov, Semyon K. Kolmykov, Ivan S. Yevshin, Fedor A. Kolpakov

Результат исследования: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаярецензирование

Аннотация

GEO database contains a lot of different experiments about transcription regulation. Most part of such experiments (ChIP-seq, DNase-seq and Histone-ChIP-seq) for 9 species (Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Danio rerio, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe and Arabidopsis thaliana) were annotated and uniformly processed in GTRD database. Here we are describing the latest advances in these data annotations for GTRD database to formalize experimental data: hierarchical dictionaries of cell types and experimental factors. This approach helps us to integrate experimental data by cell lines (cell types and tissues) and experimental conditions as well as simplifies searching for relevant information for a user.

Язык оригиналаанглийский
Название основной публикацииProceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020
ИздательInstitute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
Страницы23-27
Число страниц5
ISBN (электронное издание)9781728195971
DOI
СостояниеОпубликовано - июл 2020
Событие2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020 - Novosibirsk, Российская Федерация
Продолжительность: 6 июл 202010 июл 2020

Серия публикаций

НазваниеProceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020

Конференция

Конференция2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020
СтранаРоссийская Федерация
ГородNovosibirsk
Период06.07.202010.07.2020

Предметные области OECD FOS+WOS

  • 1.02 КОМПЬЮТЕРНЫЕ И ИНФОРМАЦИОННЫЕ НАУКИ
  • 1.06 БИОЛОГИЧЕСКИЕ НАУКИ
  • 3.01 ФУНДАМЕНТАЛЬНАЯ МЕДИЦИНА
  • 3.03 НАУКИ О ЗДОРОВЬЕ
  • 5.09 ПРОЧИЕ СОЦИАЛЬНЫЕ НАУКИ

Fingerprint

Подробные сведения о темах исследования «Advanced data curation in GTRD database: Hierarchical dictionaries of cell types and experimental factors». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать