Progress in plant genome sequencing: Research directions

Переведенное название: Прогресс в секвенировании геномов растений – направления исследований

M. K. Bragina, D. A. Afonnikov, E. A. Salina

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданияхстатья

2 Цитирования (Scopus)

Аннотация

Геномные технологии претерпели значительные изменения с момента публикации первой последовательности генома растения Arabidopsis thaliana. Исследователи приняли на вооружение новые алгоритмы и технологии секвенирования и биоинформационные подходы для получения геномной последовательности, транскриптома и экзома для модельных и культурных видов растений, что позволило сделать глубокие выводы о биологии растений. В результате снижения затрат на секвенирование благодаря улучшению методов сборки и анализа геномов, количество и качество секвенированных геномов растений постоянно растет. В течение последних двадцати лет опубликовано более 300 геномных последовательностей растений. Хотя многие из опубликованных геномов считаются неполными, они, тем не менее, оказались ценным инструментом для идентификации генов-кандидатов, участвующих в формировании хозяйственно ценных признаков растений, для проведения работ по маркер-ориентированной и геномной селекции и сравнительного анализа геномов растений с целью установления основных закономерностей происхождения различных видов растений. В связи с тем, что высокого уровня покрытия и разрешения полногеномного секвенирования не хватает для обнаружения всех изменений в сложных образцах, стало развиваться целевое (таргетное) секвенирование, которое заключается в выделении и секвенировании определенной области генома. Основным преимуществом целевого секвенирования являются его высокая мощность обнаружения (способность идентифицировать новые варианты) и более высокое разрешение. Кроме того, активно развивается экзомное секвенирование (метод секвенирования только белок-кодирующих участков генов), позволяющее секвенировать участки генома, которые обогащены функциональными вариантами и демонстрируют низкий уровень содержания повторяющихся областей. В настоящем обзоре проведен анализ развития работ по секвенированию и построению «референсных» геномов растений. Сравниваются методы целевого секвенирования, базирующиеся на использовании референсной последовательности ДНК
Переведенное названиеПрогресс в секвенировании геномов растений – направления исследований
Язык оригиналаанглийский
Страницы (с-по)38-48
Число страниц11
ЖурналVavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii
Том23
Номер выпуска1
DOI
СостояниеОпубликовано - 1 янв 2019

Ключевые слова

  • Exome sequencing
  • Genome
  • Plants
  • Sequencing approaches
  • Targeted sequencing

ГРНТИ

  • 34 БИОЛОГИЯ

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «Прогресс в секвенировании геномов растений – направления исследований». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

  • Цитировать