Определение и сравнительный анализ геномной структуры сибирских штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа

T. V. Demina, I. V. Kozlova, S. E. Tkachev, E. K. Doroshchenko, O. V. Lisak, Yu S. Savinova, O. V. Suntsova, M. M. Verkhozina, Yu P. Dzhloev, A. I. Paramonov, D. O. Kiselev, V. I. Zlobln

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданияхстатьярецензирование

Аннотация

Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ, TBEV) делится на 3 субтипа: дальневосточный (ВКЭ-ДВС, TBEV-FE), европейский (ВКЭ-Евр, TBEV-Eur) и сибирский (ВКЭ-Сиб, TBEV-Sib). В России их также принято называть соответственно генотипами 1, 2 и 3. Географически ВКЭ-Евр доминирует в Центральной и Северной Европе, но его представители встречаются и восточнее - по южной части лесной зоны внетропической Евразии вплоть до Восточной Сибири и Южной Кореи. Однако штаммы, изолированные за пределами Европы, остаются малоизученными. В предлагаемом исследовании определено 8 и сопоставлено 13 полных геномов сибирских изолятов ВКЭ-Евр. Анализ 152 депонированных в GenBank полногеномных последовательностей ВКЭ показал, что ВКЭ-Евр на территории всего евроазиатского ареала обладает более высокой степенью стабильности кодирующей части генома (3,1% различий) по сравнению с ВКЭ-ДВС (6,6%) и ВКЭ-Сиб (7,8%). При этом максимальные показатели различий отмечаются не между европейскими и сибирскими штаммами, как можно было бы ожидать, а между представителями из Европы. Это штаммы Mandl-2009 из Норвегии и Hypr из Чешской Республики. Исследованные штаммы из Сибири входят в состав компактного генетического кластера из 42 штаммов ВКЭ-Евр и подразделяются на 2 субкластера - западносибирский и восточносибирский варианты. Эти варианты отличаются по сочетаниям аминокислотных замен во всех белках, кроме NS2B. Западносибирский вариант в основном циркулирует на территории Алтая, а ближайшим родственником его представителей является штамм Absettarov из европейской части России. Штаммы, аналогичные восточносибирскому варианту европейского субтипа, зафиксированы на Алтае (штамм 84.2, 2007) и в Беларуси (N256, предположительно 1940).
Переведенное названиеDefinition and comparative analysis of the genomic structure of siberian strains of tick-borne encephalitis virus of the european subtype
Язык оригиналарусский
Номер статьи4
Страницы (с-по)29-36
Число страниц8
ЖурналVoprosy Virusologii
Том63
Номер выпуска1
DOI
СостояниеОпубликовано - 2018
Опубликовано для внешнего пользованияДа

ГРНТИ

  • 34.25 Вирусология

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «Определение и сравнительный анализ геномной структуры сибирских штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать