The consensus rye microsatellite map with EST-SSRs transferred from wheat

D. O. Vidakovic; D. Perovic; T. V. Semilet; A. Börner; E. K. Khlestkina

doi:10.18699/VJ20.48-O

The consensus rye microsatellite map with EST-SSRs transferred from wheat

Переведенное название: Консенсусная микросателлитная карта ржи с интегрированными EST-SSR маркерами пшеницы

D. O. Vidakovic, D. Perovic, T. V. Semilet, A. Börner, E. K. Khlestkina

Кафедра цитологии и генетики ФЕН

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Аннотация

Микросателлитные (SSR) маркеры широко используют для картирования генов ржи и анализа транслокационных линий пшеницы и тритикале. SSR-маркеры с известной внутрихромосомной локализацией очень востребованы для картирования экономически значимых генов и QTL-анализа. Одним из источников новых SSR-маркеров у ржи являются микросателлитные маркеры пшеницы. Несмотря на несколько наборов микросателлитных маркеров, доступных у ржи, по-прежнему необходимо расширение списка SSR, сопоставленных с хромосомами ржи, поскольку на некоторых генетических картах количество SSR-маркеров невелико. Цель настоящего исследования состояла в том, чтобы интегрировать EST-SSR пшеницы в существующие генетические карты ржи и построить консенсусную микросателлитную карту ржи. Четыре картирующих популяции ржи (P87/P105, N6/N2, N7/N2 и N7/N6) тестировали с использованием праймеров CFE (EST-SSR). В результате в молекулярно-генетические карты ржи было интегрировано 23 микросателлитных локуса Xcfe : Xcfe023 , -136 и -266 на хромосоме 1R, Xcfe006 , -067 , -175 и -187 на 2R,Xcfe029 и -282 на 3R, Xcfe004, -100, -152, -224 и -260 на 4R, Xcfe037, -208 и -270 на 5R, Xcfe124, -159 и -277 на 6R,Xcfe010, -143 и -228 на 7R. За исключением Xcfe159 и Xcfe224, все картированные локусы Xcfe были обнаружены в ортологичных позициях с учетом множественных транслокаций в ходе эволюции генома ржи по сравнению с пшеницей. Консенсусная карта построена с использованием данных по четырем картирующим популяциям ржи. Она содержит в общей сложности 123 микросателлитных маркера, 12 SNP, 118 RFLP и 2 изоферментных локуса

Переведенное название	Консенсусная микросателлитная карта ржи с интегрированными EST-SSR маркерами пшеницы
Язык оригинала	английский
Страницы (с-по)	459-464
Число страниц	6
Журнал	Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii
Том	24
Номер выпуска	5
DOI	https://doi.org/10.18699/VJ20.48-O
Состояние	Опубликовано - 2020

Ключевые слова

Genetic mapping
Microsatellite markers
Secale cereale
SSR
Triticum aestivum

ГРНТИ

34 БИОЛОГИЯ

Доступ к документу

10.18699/VJ20.48-O

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «Консенсусная микросателлитная карта ржи с интегрированными EST-SSR маркерами пшеницы». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать

@article{886fdbf82a764f2ba9d906f7010f5959,

title = "The consensus rye microsatellite map with EST-SSRs transferred from wheat",

abstract = "Microsatellite (SSR) markers with known precise intrachromosomal locations are widely used for mapping genes in rye and for the investigation of wheat-rye translocation lines and triticale highly demanded for mapping economically important genes and QTL-analysis. One of the sources of novel SSR markers in rye are microsatellites transferable from the wheat genome. Broadening the list of available SSRs in rye mapped to chromosomes is still needed, since some rye chromosome maps still have just a few microsatellite loci mapped. The goal of the current study was to integrate wheat EST-SSRs into the existing rye genetic maps and to construct a consensus rye microsatellite map. Four rye mapping populations (P87/P105, N6/N2, N7/N2 and N7/N6) were tested with CFE (EST-SSRs) primers. A total of 23 Xcfe loci were mapped on rye chromosomes: Xcfe023, -136 and -266 on chromosome 1R, Xcfe006, -067, -175 and -187 on 2R, Xcfe029 and -282 on 3R, Xcfe004, -100, -152, -224 and -260 on 4R, Xcfe037, -208 and -270 on 5R, Xcfe124, -159 and -277 on 6R, Xcfe010, -143 and -228 on 7R. With the exception of Xcfe159 and Xcfe224, all the Xcfe loci mapped were found in orthologous positions considering multiple evolutionary translocations in the rye genome relative to those of common wheat. The consensus map was constructed using mapping data from the four bi-parental populations. It contains a total of 123 microsatellites, 12 SNPs, 118 RFLPs and 2 isozyme loci.",

keywords = "Genetic mapping, Microsatellite markers, Secale cereale, SSR, Triticum aestivum, Secale cereale, SSR, Triticum aestivum, microsatellite markers, genetic mapping, SECALE-CEREALE L., GENETIC-MAP, HOMOLOGOUS SYNAPSIS, ALUMINUM TOLERANCE, MEIOTIC GENES, LOCALIZATION, ISOZYME, TRANSLOCATIONS, IDENTIFICATION, SEQUENCE",

author = "Vidakovic, {D. O.} and D. Perovic and Semilet, {T. V.} and A. B{\"o}rner and Khlestkina, {E. K.}",

note = "Видакович Д.О., Перович Д., Семилет Т.В., Бернер А., Хлесткина Е.К. Консенсусная микросателлитная карта ржи с интегрированными EST-SSR маркерами пшеницы // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2020. - Т. 24. - № 5. - С. 459-464",

year = "2020",

doi = "10.18699/VJ20.48-O",

language = "English",

volume = "24",

pages = "459--464",

journal = "Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii",

issn = "2500-0462",

publisher = "Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences",

number = "5",

}

The consensus rye microsatellite map with EST-SSRs transferred from wheat. / Vidakovic, D. O.; Perovic, D.; Semilet, T. V.; Börner, A.; Khlestkina, E. K.

В: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii, Том 24, № 5, 2020, стр. 459-464.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

TY - JOUR

T1 - The consensus rye microsatellite map with EST-SSRs transferred from wheat

AU - Vidakovic, D. O.

AU - Perovic, D.

AU - Semilet, T. V.

AU - Börner, A.

AU - Khlestkina, E. K.

N1 - Видакович Д.О., Перович Д., Семилет Т.В., Бернер А., Хлесткина Е.К. Консенсусная микросателлитная карта ржи с интегрированными EST-SSR маркерами пшеницы // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2020. - Т. 24. - № 5. - С. 459-464

PY - 2020

Y1 - 2020

N2 - Microsatellite (SSR) markers with known precise intrachromosomal locations are widely used for mapping genes in rye and for the investigation of wheat-rye translocation lines and triticale highly demanded for mapping economically important genes and QTL-analysis. One of the sources of novel SSR markers in rye are microsatellites transferable from the wheat genome. Broadening the list of available SSRs in rye mapped to chromosomes is still needed, since some rye chromosome maps still have just a few microsatellite loci mapped. The goal of the current study was to integrate wheat EST-SSRs into the existing rye genetic maps and to construct a consensus rye microsatellite map. Four rye mapping populations (P87/P105, N6/N2, N7/N2 and N7/N6) were tested with CFE (EST-SSRs) primers. A total of 23 Xcfe loci were mapped on rye chromosomes: Xcfe023, -136 and -266 on chromosome 1R, Xcfe006, -067, -175 and -187 on 2R, Xcfe029 and -282 on 3R, Xcfe004, -100, -152, -224 and -260 on 4R, Xcfe037, -208 and -270 on 5R, Xcfe124, -159 and -277 on 6R, Xcfe010, -143 and -228 on 7R. With the exception of Xcfe159 and Xcfe224, all the Xcfe loci mapped were found in orthologous positions considering multiple evolutionary translocations in the rye genome relative to those of common wheat. The consensus map was constructed using mapping data from the four bi-parental populations. It contains a total of 123 microsatellites, 12 SNPs, 118 RFLPs and 2 isozyme loci.

AB - Microsatellite (SSR) markers with known precise intrachromosomal locations are widely used for mapping genes in rye and for the investigation of wheat-rye translocation lines and triticale highly demanded for mapping economically important genes and QTL-analysis. One of the sources of novel SSR markers in rye are microsatellites transferable from the wheat genome. Broadening the list of available SSRs in rye mapped to chromosomes is still needed, since some rye chromosome maps still have just a few microsatellite loci mapped. The goal of the current study was to integrate wheat EST-SSRs into the existing rye genetic maps and to construct a consensus rye microsatellite map. Four rye mapping populations (P87/P105, N6/N2, N7/N2 and N7/N6) were tested with CFE (EST-SSRs) primers. A total of 23 Xcfe loci were mapped on rye chromosomes: Xcfe023, -136 and -266 on chromosome 1R, Xcfe006, -067, -175 and -187 on 2R, Xcfe029 and -282 on 3R, Xcfe004, -100, -152, -224 and -260 on 4R, Xcfe037, -208 and -270 on 5R, Xcfe124, -159 and -277 on 6R, Xcfe010, -143 and -228 on 7R. With the exception of Xcfe159 and Xcfe224, all the Xcfe loci mapped were found in orthologous positions considering multiple evolutionary translocations in the rye genome relative to those of common wheat. The consensus map was constructed using mapping data from the four bi-parental populations. It contains a total of 123 microsatellites, 12 SNPs, 118 RFLPs and 2 isozyme loci.

KW - Genetic mapping

KW - Microsatellite markers

KW - Secale cereale

KW - SSR

KW - Triticum aestivum

KW - Secale cereale

KW - SSR

KW - Triticum aestivum

KW - microsatellite markers

KW - genetic mapping

KW - SECALE-CEREALE L.

KW - GENETIC-MAP

KW - HOMOLOGOUS SYNAPSIS

KW - ALUMINUM TOLERANCE

KW - MEIOTIC GENES

KW - LOCALIZATION

KW - ISOZYME

KW - TRANSLOCATIONS

KW - IDENTIFICATION

KW - SEQUENCE

UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85092028046&partnerID=8YFLogxK

UR - https://www.elibrary.ru/item.asp?id=43842533

U2 - 10.18699/VJ20.48-O

DO - 10.18699/VJ20.48-O

M3 - Article

AN - SCOPUS:85092028046

VL - 24

SP - 459

EP - 464

JO - Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii

JF - Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii

SN - 2500-0462

IS - 5

ER -