TY - JOUR
T1 - Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С
AU - Antropova, E A
AU - Khlebodarova, T M
AU - Demenkov, P S
AU - Venzel, A S
AU - Ivanisenko, N V
AU - Gavrilenko, A D
AU - Ivanisenko, T V
AU - Adamovskaya, A V
AU - Revva, P M
AU - Lavrik, I N
AU - Ivanisenko, V A
N1 - Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовсккая А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2022. – Т. 26. – № 8. – С. 733-742.
Исследование выполнено при финансовой поддержке проекта № 075-15-2021-944 Министерства науки и высшего образования РФ в рамках ERA-NET «Идентификация мишеней и разработка лекарственных средств при раке печени (TAIGA)».
PY - 2022/12
Y1 - 2022/12
N2 - Вирус гепатита С (ВГС) считается фактором риска для возникновения гепатоцеллюлярной карциномы (ГЦК). Известно, что большую роль в молекулярно-генетических механизмах вирус-индуцированного онкогенеза играют эпигенетические изменения. Аберрантное метилирование ДНК служит медиатором эпигенетических изменений, которые тесно связаны с патогенезом ГЦК, и признано биомаркером для его ранней диагностики. С помощью ANDSystem проведены реконструкция и оценка статистической значимости путей потенциальной регуляции вирусными белками ВГС 32 генов человека, гиперметилированных при ГЦК. Среди исследованных генов были как онкосупрессоры, так и проопухолевые гены, идентифицированных по данным полногеномного анализа метилирования ДНК. Реконструированы регуляторные пути, включающие белок-белковые взаимодействия, регуляцию экспрессии генов, регуляцию активности, стабильности и транспорта белков. Среди статистически значимых оказались пути регуляции экспрессии. Показано, что восемь из десяти белков ВГС являются участниками данных путей. Белок ВГС NS3 был вовлечен в наибольшее число регуляторных путей. NS3 связан с регуляцией пяти генов-онкосупрессоров, что может свидетельствовать о его центральной роли в патогенезе ГЦК. Анализ реконструированных путей показал, что при ингибировании транскрипционных факторов в результате связывания с вирусными белками, экспрессия ряда онкосупрессоров ( WT1 , MGMT , SOCS1 , P53 ) подавлялась, тогда как экспрессия других ( RASF1 , RUNX3 , WIF1 , DAPK1 ) активировалась. Таким образом, с помощью реконструкции генных сетей показано, что вирусные белки гепатита С способны влиять не только на статус метилирования генов-онкосупрессоров, но и на их транскрипционную регуляцию. Полученные результаты могут быть использованы при поиске фармакологических мишеней для разработки новых средств против ГЦК, индуцированной ВГС.
AB - Вирус гепатита С (ВГС) считается фактором риска для возникновения гепатоцеллюлярной карциномы (ГЦК). Известно, что большую роль в молекулярно-генетических механизмах вирус-индуцированного онкогенеза играют эпигенетические изменения. Аберрантное метилирование ДНК служит медиатором эпигенетических изменений, которые тесно связаны с патогенезом ГЦК, и признано биомаркером для его ранней диагностики. С помощью ANDSystem проведены реконструкция и оценка статистической значимости путей потенциальной регуляции вирусными белками ВГС 32 генов человека, гиперметилированных при ГЦК. Среди исследованных генов были как онкосупрессоры, так и проопухолевые гены, идентифицированных по данным полногеномного анализа метилирования ДНК. Реконструированы регуляторные пути, включающие белок-белковые взаимодействия, регуляцию экспрессии генов, регуляцию активности, стабильности и транспорта белков. Среди статистически значимых оказались пути регуляции экспрессии. Показано, что восемь из десяти белков ВГС являются участниками данных путей. Белок ВГС NS3 был вовлечен в наибольшее число регуляторных путей. NS3 связан с регуляцией пяти генов-онкосупрессоров, что может свидетельствовать о его центральной роли в патогенезе ГЦК. Анализ реконструированных путей показал, что при ингибировании транскрипционных факторов в результате связывания с вирусными белками, экспрессия ряда онкосупрессоров ( WT1 , MGMT , SOCS1 , P53 ) подавлялась, тогда как экспрессия других ( RASF1 , RUNX3 , WIF1 , DAPK1 ) активировалась. Таким образом, с помощью реконструкции генных сетей показано, что вирусные белки гепатита С способны влиять не только на статус метилирования генов-онкосупрессоров, но и на их транскрипционную регуляцию. Полученные результаты могут быть использованы при поиске фармакологических мишеней для разработки новых средств против ГЦК, индуцированной ВГС.
UR - https://www.elibrary.ru/item.asp?id=50061116
UR - https://www.mendeley.com/catalogue/2c992443-d6bc-36c3-a3ff-41ae7050ce95/
U2 - 10.18699/VJGB-22-89
DO - 10.18699/VJGB-22-89
M3 - статья
C2 - 36714033
VL - 26
SP - 733
EP - 742
JO - Вавиловский журнал генетики и селекции
JF - Вавиловский журнал генетики и селекции
SN - 2500-0462
IS - 8
M1 - 2
ER -