Кандидатные SNP-маркеры, изменяющие сродство ТВР к промоторам Y-связанных генов CDY2A, SHOX, ZFY, снижают ряд показателей репродуктивного потенциала мужчин

M. P. Ponomarenko, E. B. Sharypova, I. A. Drachkova, L. K. Savinkova, I. V. Chadaeva, D. A. Rasskazov, P. M. Ponomarenko, L. V. Osadchuk, A. V. Osadchuk

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданияхстатьярецензирование

Аннотация

Репродуктивный потенциал - уровень физического и психического состояния организма, позволяющий при достижении социальной зрелости воспроизводить здоровое потомство. В узком биомедицинском смысле определение включает комплекс функциональных показателей репродуктивной системы, но в более широком смысле его можно рассматривать как совокупность физиологических, поведенческих, адаптивных, ментальных, антропометрических и генетических характеристик особи, способствующих размножению. Целью настоящей работы было расширить область применимости созданного ранее Web-сервиса SNP_TATA_Z-tester для поиска кандидатных маркеров однонуклеотидного полиморфизма (SNP) на хромосоме Y человека, связанных с мужским репродуктивным потенциалом (МРП). В поиске кандидатных SNP-маркеров для МРП мы сосредоточились на генах хромосомы Y человека. Изучены 35 SNP в промоторах генов CDY2A, SHOXи ZFY, представляющих все три типа генов хромосомы Y человека: уникальный, псевдоаутосомный и паралог гена хромосомы X человека соответственно. Предсказаны 11 кандидатных SNP-маркеров ослабления МРП из-за изменения сродства TATA-связывающего белка (TBP) к этим промоторам. Выборочно верифицированы in vitro величины сродства «TBP-промотор», предсказанные в этой работе. Установлена достоверная корреляция (г = 0.94, p < 0.005) между ними и результатами измерения in vitro сродства ТВР человека к олигонуклеотидам, идентичным сайтам ТВР-связывания исследуемых промоторов. Проведя поиск в базе данных PubMed по ключевым словам, мы нашли клиническое описание патологических состояний человека, соответствующих изменению экспрессии генов, несущих предсказанные нами кандидатные SNP-маркеры. Среди них оказались такие патологии, как нарушение сперматогенеза (ZFY: rs1388535808 и rs996955491), задержка полового созревания (CDY2A: rs200670724), нарушения эмбриогенеза (SHOX: rs28378830) и непропорционально низкий рост с деформациями Маделунга (SHOX: rs1452787381). Они свидетельствуют, что в случае SNP-промоторов генов хромосомы Y человека следует ожидать изменений широкого круга показателей МРП, выходящих далеко за рамки генетического контроля собственно мужской репродуктивной функции.
Переведенное названиеCandidate SNP-markers altering TBP binding affinity for promoters of the Y-linked genes CDY2A, SHOX, and ZFY are lowering many indexes of reproductive potential in men
Язык оригиналарусский
Номер статьи12
Страницы (с-по)785-793
Число страниц9
ЖурналVavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii
Том24
Номер выпуска7
DOI
СостояниеОпубликовано - ноя 2020

Ключевые слова

  • Candidate SNP marker
  • Chromosome Y
  • Gene
  • Human
  • Promoter
  • Reproductive potential
  • Single nucleotide polymorphism (SNP)
  • TATA-binding protein (TBP)
  • TBP-binding site (TATA-box)
  • Verification in vitro

Предметные области OECD FOS+WOS

  • 1.06 БИОЛОГИЧЕСКИЕ НАУКИ
  • 4 СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫЕ НАУКИ

ГРНТИ

  • 34 БИОЛОГИЯ

Fingerprint

Подробные сведения о темах исследования «Кандидатные SNP-маркеры, изменяющие сродство ТВР к промоторам Y-связанных генов CDY2A, SHOX, ZFY, снижают ряд показателей репродуктивного потенциала мужчин». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать