Лаборатория белковой инженерии

2022

Dynamics and Conformational Changes in Human NEIL2 DNA Glycosylase Analyzed by Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry

Zhdanova, P. V., Ishchenko, A. A., Chernonosov, A. A., Zharkov, D. O. & Koval, V. V., 30 янв 2022, В: Journal of Molecular Biology. 434, 2, 167334.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

2021

A New Class of Uracil-DNA Glycosylase Inhibitors Active against Human and Vaccinia Virus Enzyme

Grin, I. R., Mechetin, G., Kasymov, R. D., Diatlova, E. A., Yudkina, A., Shchelkunov, S. N., Gileva, I. P., Denisova, A. A., Stepanov, G. A., Chilov, G. G. & Zharkov, D. O., ноя 2021, В: Molecules. 26, 21, 15 стр., 6668.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Characterization of Recombinant Endonuclease IV from Mycobacterium tuberculosis

Dymova, M. A., Endutkin, A. V., Polunovsky, V. V., Zakabunin, A. I., Khrapov, E. A., Torgasheva, N. A., Yudkina, A. V., Mechetin, G. V., Filipenko, M. L. & Zharkov, D. O., мар 2021, В: Molecular Biology. 55, 2, стр. 225-233 9 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

DNA glycosylases for 8-oxoguanine repair in Staphylococcus aureus

Endutkin, A. V., Panferova, E. P., Barmatov, A. E. & Zharkov, D. O., сен 2021, В: DNA Repair. 105, стр. 103160 103160.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Evolutionary Origins of DNA Repair Pathways: Role of Oxygen Catastrophe in the Emergence of DNA Glycosylases

Prorok, P., Grin, I. R., Matkarimov, B. T., Ishchenko, A. A., Laval, J., Zharkov, D. O. & Saparbaev, M., июл 2021, В: Cells. 10, 7, 1591.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › рецензирование

Открытый доступ

GO System, a DNA Repair Pathway to Cope with Oxidative Damage

Endutkin, A. V. & Zharkov, D. O., мар 2021, В: Molecular Biology. 55, 2, стр. 193-210 18 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › рецензирование

GO-система: путь репарации ДНК для борьбы с окислительными повреждениями

Endutkin, A. V. & Zharkov, D. O., 1 мар 2021, В: Molekuliarnaia biologiia. 55, 2, стр. 223-242 20 стр., 5.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › рецензирование

Mild phenotype of knockouts of the major apurinic/apyrimidinic endonuclease APEX1 in a non-cancer human cell line

Kim, D. V., Kulishova, L. M., Torgasheva, N. A., Melentyev, V. S., Dianov, G. L., Medvedev, S. P., Zakian, S. M. & Zharkov, D. O., сен 2021, В: PLoS ONE. 16, 9 September, e0257473.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Открытый доступ

Molecular dynamics approach to identification of new OGG1 cancer-associated somatic variants with impaired activity

Popov, A. V., Endutkin, A. V., Yatsenko, D. D., Yudkina, A. V., Barmatov, A. E., Makasheva, K. A., Raspopova, D. Y., Diatlova, E. A. & Zharkov, D. O., 1 янв 2021, В: Journal of Biological Chemistry. 296, 100229.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Открытый доступ

1 Цитирования (Scopus)

Photoactivatable CRISPR/Cas9 System

Akhmetova, E. A., Golyshev, V. M., Vokhtantcev, I. P., Meschaninova, M. I., Venyaminova, A. G. & Novopashina, D. S., мар 2021, В: Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 47, 2, стр. 496-504 9 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Photoactivatable nanocrispr/cas9 system based on crrna reversibly immobilized on carbon nanoparticles

Semikolenova, O., Sakovina, L., Akhmetova, E., Kim, D., Vokhtantsev, I., Golyshev, V., Vorobyeva, M., Novopashin, S. & Novopashina, D., 1 окт 2021, В: International Journal of Molecular Sciences. 22, 20, 10919.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Открытый доступ

Substrate specificities of DNA glycosylases in vitro and in vivo

Ендуткин, А. В. & Жарков, Д. О., 2021, DNA Damage, DNA Repair and Disease: Volume 1. Dizdaroglu, M. & Lloyd, R. S. (ред.). London: Royal Society of Chemistry, Том 1. стр. 275-203 29 стр.

Результат исследования: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференций › глава (рецензируемая) › научная › рецензирование

Template Properties of 5-Methyl-2'-Deoxycytidine and 5-Hydroxymethyl-2'-Deoxycytidine in Reactions with Human Translesion and Reparative DNA Polymerases

Shilkin, E. S., Petrova, D. V., Poltorachenko, V. A., Boldinova, E. O., Zharkov, D. O. & Makarova, A. V., мар 2021, В: Molecular Biology. 55, 2, стр. 267-272 6 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Translesion activity of PrimPol on DNA with cisplatin and DNA–protein cross-links

Boldinova, E. O., Yudkina, A. V., Shilkin, E. S., Gagarinskaya, D. I., Baranovskiy, A. G., Tahirov, T. H., Zharkov, D. O. & Makarova, A. V., дек 2021, В: Scientific Reports. 11, 1, 17588.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Открытый доступ

Биологические свойства вируса гриппа H6N8‐субтипа, выделенного от диких птиц на юге Западной Сибири

Li, X., Dubovitskiy, N. A., Derko, A. A., Glushchenko, A. V., Sobolev, I. A., Druzyaka, A. V., Medzhidova, M. M., Musinova, E. M., Sharshov, K. A. & Shestopalov, A. M., янв 2021, В: South of Russia: Ecology, Development. 16, 1 (58), стр. 45-52 8 стр., 5.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Открытый доступ

Изучение свойств рекомбинантной эндонуклеазы IV Mycobacterium tuberculosis

Dymova, M. A., Endutkin, A. V., Polunovsky, V. V., Zakabunin, A. I., Khrapov, E. A., Torgasheva, N. A., Yudkina, A. V., Mechetin, G. V., Filipenko, M. L. & Zharkov, D. O., 1 мар 2021, В: Molekuliarnaia biologiia. 55, 2, стр. 258-268 11 стр., 7.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Матричные свойства 5-метил-2'-дезоксицитидина и 5-гидроксиметил-2'-дезоксицитидина в реакциях с транслезионными и репаратичными ДНК-полимеразами человека

Shilkin, E. S., Petrova, D. V., Poltorachenko, V. A., Boldinova, E. O., Zharkov, D. O. & Makarova, A. V., 1 мар 2021, В: Molekuliarnaia biologiia. 55, 2, стр. 305-311 7 стр., 11.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

2020

Activity of DNA glycosylases on non-canonical DNA substrates

Дятлова, Е. А. & Жарков, Д. О., 2020, стр. 568. 1 стр.

Результат исследования: Материалы конференций › тезисы › рецензирование

Antitumour activity of the ribonuclease binase from bacillus pumilus in the RLS40 tumour model is associated with the reorganisation of the miRNA network and reversion of cancer‐related cascades to normal functioning

Mohamed, I. S. E., Sen’kova, A. V., Nadyrova, A. I., Savin, I. A., Markov, A. V., Mitkevich, V. A., Makarov, A. A., Ilinskaya, O. N., Mironova, N. L. & Zenkova, M. A., ноя 2020, В: Biomolecules. 10, 11, стр. 1-20 20 стр., 1509.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Открытый доступ

Bacillus pumilus Ribonuclease Inhibits Migration of Human Duodenum Adenocarcinoma HuTu 80 Cells

Zelenikhin, P., Mohamed, I. S. E., Nadyrova, A., Sirotkina, A. A., Ulyanova, V. V., Mironova, N. L., Mitkevieh, V. A., Makarov, A. A., Zenkova, M. A. & Ilinskaya, O. N., янв 2020, В: Molecular Biology. 54, 1, стр. 128-133 6 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Catalytically Competent Conformation of the Active Site of Human 8-Oxoguanine-DNA Glycosylase

Popov, A. V., Yudkina, A. V., Vorobjev, Y. N. & Zharkov, D. O., 17 фев 2020, В: Biochemistry (Moscow). 85, 2, стр. 192-204 13 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

2 Цитирования (Scopus)

Displacement of Slow-Turnover DNA Glycosylases by Molecular Traffic on DNA

Yudkina, A. V., Endutkin, A. V., Diatlova, E. A., Moor, N. A., Vokhtantsev, I. P., Grin, I. R. & Zharkov, D. O., авг 2020, В: Genes. 11, 8, стр. 1-21 21 стр., 866.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Открытый доступ

EGFP Reporters for Direct and Sensitive Detection of Mutagenic Bypass of DNA Lesions

Rodriguez-Alvarez, M., Kim, D. & Khobta, A., 13 июн 2020, В: Biomolecules. 10, 6, стр. 1-19 19 стр., 902.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Открытый доступ

1 Цитирования (Scopus)

Inhibitors of DNA glycosylases as prospective drugs

Mechetin, G. V., Endutkin, A. V., Diatlova, E. A. & Zharkov, D. O., 28 апр 2020, В: International Journal of Molecular Sciences. 21, 9, 30 стр., 3118.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › рецензирование

Открытый доступ

5 Цитирования (Scopus)

Mechanisms of Sugar Beet Response to Biotic and Abiotic Stresses

Yu, B., Chen, M., Grin, I. & Ma, C., 8 мая 2020, Mechanisms of Genome Protection and Repair. Zharkov, D. O. (ред.). Springer, Cham, Том 1241. стр. 167-194 28 стр. (Advances in experimental medicine and biology).

Результат исследования: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференций › глава/раздел › научная › рецензирование

1 Цитирования (Scopus)

Mechanistic insight into the role of Poly(ADP-ribosyl)ation in DNA topology modulation and response to DNA damage

Matkarimov, B. T., Zharkov, D. O. & Saparbaev, M. K., янв 2020, В: Mutagenesis. 35, 1, стр. 107-118 12 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › рецензирование

2 Цитирования (Scopus)

Molecular dynamic and kinetic characterization of Cas9 mutants for improving specificity of genome editing tools

Вохтанцев, И. П. & Кадцын, Е. Д., 2020, стр. 55. 1 стр.

Результат исследования: Материалы конференций › тезисы › рецензирование

Platinum polyoxoniobates have a potential as an anticancer agent

Юдкина, А. В., Вохтанцев, И. П., Соколов, М. Н. & Абрамов, П. А., 2020, стр. 604. 1 стр.

Результат исследования: Материалы конференций › тезисы › рецензирование

Preface

Zharkov, D. O., 1 янв 2020, В: Advances in experimental medicine and biology. 1241, стр. v

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › редакционная статья › рецензирование

Preface

Zharkov, D. O., 2020, MECHANISMS OF GENOME PROTECTION AND REPAIR. Zharkov, DO. (ред.). Springer International Publishing AG, стр. V-V 1 стр. (Advances in Experimental Medicine and Biology; том 1241).

Результат исследования: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференций › предисловие, научный комментарий, послесловие › научная › рецензирование

Protein Engineering of DNA-Dependent Enzymes

Yudkina, A. V. & Zharkov, D. O., 8 мая 2020, Mechanisms of Genome Protection and Repair. Zharkov, D. O. (ред.). Springer, Cham, Том 1241. стр. 19-33 15 стр. (Advances in experimental medicine and biology).

Результат исследования: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференций › глава/раздел › научная › рецензирование

Reading Targeted DNA Damage in the Active Demethylation Pathway: Role of Accessory Domains of Eukaryotic AP Endonucleases and Thymine-DNA Glycosylases

Popov, A. V., Grin, I. R., Dvornikova, A. P., Matkarimov, B. T., Groisman, R., Saparbaev, M. & Zharkov, D. O., 13 мар 2020, В: Journal of Molecular Biology. 432, 6, стр. 1747-1768 22 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › рецензирование

4 Цитирования (Scopus)

Requirements for DNA bubble structure for efficient cleavage by helix-two-turn-helix DNA glycosylases

Makasheva, K. A., Endutkin, A. V. & Zharkov, D. O., янв 2020, В: Mutagenesis. 35, 1, стр. 119-128 10 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

6 Цитирования (Scopus)

Self-cleaning photoactive cotton fabric modified with nanocrystalline TiO₂ for efficient degradation of volatile organic compounds and DNA contaminants

Solovyeva, M., Selishchev, D., Cherepanova, S., Stepanov, G., Zhuravlev, E., Richter, V. & Kozlov, D., 15 мая 2020, В: Chemical Engineering Journal. 388, 13 стр., 124167.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

9 Цитирования (Scopus)

Single-nucleotide polymorphisms of hNEIL2 gene: from protein structure to functions in base excision DNA repair

Каххарова, З. И., Грин, И. Р. & Петрова, Д. В., 2020, стр. 574. 1 стр.

Результат исследования: Материалы конференций › тезисы › рецензирование

The influence of ligand structure of ruthenium nitrosyl complexes on their biological activity

Хантакова, Д. В. & Грин, И. Р., 2020, стр. 577. 1 стр.

Результат исследования: Материалы конференций › тезисы › рецензирование

The role of DNA repair in active DNA demethylation is studded by the construct based on the CRISPR/Cas9 system

Каххарова, З. И., Грин, И. Р. & Хантакова, Д. В., 2020, стр. 575. 1 стр.

Результат исследования: Материалы конференций › тезисы › рецензирование

Активность вариантов фермента формамидопиримидин-ДНК-гликозилазы с измененными аминокислотными остатками в центре связывания поврежденного основания

Булгаков, Н. А., 2020, стр. 25. 1 стр.

Результат исследования: Материалы конференций › тезисы › рецензирование

Кинетика удаления 5-метилцитозина апурин-апиримидиновой эндонуклеазой APEX1 человека в условиях различных интермедиатов репарации ДНК

Яценко, Д. Д. & Ендуткин, А. В., 2020, стр. 54. 1 стр.

Результат исследования: Материалы конференций › тезисы › рецензирование

Методы редактирования генов и геномов

Аббат, А. В., Александрушкина, Н. А., Андреенков, О. В., Артюхов, А. С., Байрамова, Э. М., Балацкий, А. В., Березиков, Е. В., Василенко, Ю. С., Васильев, А. В., Васильев, П. А., Волкова, Е. И., Воротеляк, Е. А., Вохтанцев, И. П., Вударски, Я., Вяткин, Ю. В., Георгиев, П. Г., Герасимова, С. В., Гершович, П. М., Гольцова, А. С., Гущин, Д. Ю. и 60 др., Давлетшина, Г. И., Дашинимаев, Э. Б., Дейнеко, Е. В., Демаков, С. А., Дианов, Г. Л., Дыйканов, Д. Т., Евсеева, М. Н., Егорова, А. А., Елисафенко, Е. А., Ендуткин, А. В., Жарков, Д. О., Живень, М. К., Журавлев, Е. С., Загорская, А. А., Закиян, С. М., Захарова, И. С., Зотова, А. А., Иванова, К. А., Карагуяр, М. Н., Карпов, В. Л., Коваленко, В. Р., Кулебякин, К. Ю., Кулишова, Л. М., Лактионов, П. П., Мазуров, Д. В., Макаревич, П. И., Максименко, О. Г., Маланханова, Т. Б., Малахова, А. А., Маренкова, Т. В., Матвеева, А. М., Медведев, С. П., Мещерякова, Н. В., Пермякова, Н. В., Прокофьев, А. В., Рождественский, Т. С., Романов, С. Е., Ростовцева, А. И., Рубцов, Ю. П., Рысенкова, К. Д., Семина, Е. В., Сидорчук, Ю. В., Скрябин, Б. В., Скрябина, М. Н., Смирнова, А. М., Сорокин, М. А., Степанов, Г. А., Стуканев, В. К., Торгашева, Н. А., Тюрин-Кузьмин, П. А., Устьянцева, Е. И., Устьянцев, К. В., Чичерин, И. В., Шарипова, Д. В., Шевченко, А. И., Шепелев, М. В., Шерстюк, В. В., Шмакова, А. А., Щепетов, Д. М. & Юрлова, Е. В., 2020, Новосибирск: ФГУП "Издательство СО РАН". 550 стр.

Результат исследования: Книги, отчёты, сборники › книга, в т.ч. монография, учебник › научная › рецензирование

Получение модифицированных ДНК-субстратов для исследования механизма действия нуклеаз геномного редактирования

Вохтанцев, И. П., Ендуткин, А. В., Кулишова, Л. М., Торгашева, Н. А., Дианов, Г. Л. & Жарков, Д. О., 2020, Методы редактирования генов и геномов. Закиян, С. М., Медведев, С. П., Дементьева, Е. В. & Власов, В. В. (ред.). Новосибирск: ФГУП "Издательство СО РАН", стр. 485-493 9 стр.

Результат исследования: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференций › глава/раздел › научная › рецензирование

Открытый доступ

Рибонуклеаза Ribonuclease pumilus ингибирует миграцию клеток аденокарциномы двенадцатиперстной кишки человека HuTu 80

Zelenikhin, P. V., Ead Mohamed, I. S., Nadyrova, A. I., Sirotkina, A. A., Ulyanova, V. V., Mironova, N. L., Mitkevich, V. A., Makarov, A. A., Zenkova, M. A. & Ilinskaya, O. N., 1 янв 2020, В: Molekuliarnaia biologiia. 54, 1, стр. 146-152 7 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

2 Цитирования (Scopus)

Роль ключевого белка мисматч репарации млекопитающих MSH2 в эпигенетических изменениях при онкогенезе

Каххарова, З. И. & Грин, И. Р., 2020, стр. 79. 1 стр.

Результат исследования: Материалы конференций › тезисы › рецензирование

Экзосомы молока лошади: выделение, микроскопический и биохимический анализ, перспективы использования

SEDYKH, S. E., KULESHOVA, A. E., PURVINSH, L. V., BURKOVA, E. E., GRIGORIEVA, A. E., EVTUSHENKO, E. G., STEPANOV, G. A., RYABCHIKOVA, E. I. & NEVINSKII, G. A., 2020, В: Biotekhnologiya. 36, 5, стр. 62-71 10 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

2019

abstract OR-3: Fleeting ensembles: Transient protein-protein interactions in DNA repair

Жарков, Д. О., 2019, В: International Journal of Biomedicine. 9, S1, стр. 6-7 2 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья по материалам конференции › рецензирование

Открытый доступ

Antisense Oligonucleotides Immobilized on Silicon-Organic Nanoparticles as a Tool for Prolonged Correction of Hypertensive States

Levina, A. S., Repkova, M. N., Klimov, L. O., Ryazanova, M. A., Markel, A. L. & Zarytova, V. F., 15 мая 2019, В: Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 167, 1, стр. 116-119 4 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Are small nucleolar RNAs "cRISPRable"? A report on box C/D small nucleolar RNA editing in human cells

Filippova, J. A., Matveeva, A. M., Zhuravlev, E. S., Balakhonova, E. A., Prokhorova, D. V., Malanin, S. J., Mahmud, R. S., Grigoryeva, T. V., Anufrieva, K. S., Semenov, D. V., Vlassov, V. V. & Stepanov, G. A., 4 ноя 2019, В: Frontiers in Pharmacology. 10, 16 стр., 01246.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Открытый доступ

4 Цитирования (Scopus)

Base Excision DNA Repair Deficient Cells: From Disease Models to Genotoxicity Sensors

Kim, D. V., Makarova, A. V., Miftakhova, R. R. & Zharkov, D. O., 1 янв 2019, В: Current Pharmaceutical Design. 25, 3, стр. 298-312 15 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › рецензирование

3 Цитирования (Scopus)

Conformational Dynamics of Damage Processing by Human DNA Glycosylase NEIL1

Kladova, O. A., Grin, I. R., Fedorova, O. S., Kuznetsov, N. A. & Zharkov, D. O., 15 мар 2019, В: Journal of Molecular Biology. 431, 6, стр. 1098-1112 15 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

7 Цитирования (Scopus)

Critical Sites of DNA Backbone Integrity for Damaged Base Removal by Formamidopyrimidine-DNA Glycosylase

Endutkin, A. V. & Zharkov, D. O., 18 июн 2019, В: Biochemistry. 58, 24, стр. 2740-2749 10 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья › рецензирование

Лаборатория белковой инженерии

Результат исследований

Поиск результатов