Лаборатория белковой инженерии

2020

Catalytically Competent Conformation of the Active Site of Human 8-Oxoguanine-DNA Glycosylase

Popov, A. V., Yudkina, A. V., Vorobjev, Y. N. & Zharkov, D. O., 17 фев 2020, В : Biochemistry (Moscow). 85, 2, стр. 192-204 13 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Mechanistic insight into the role of Poly(ADP-ribosyl)ation in DNA topology modulation and response to DNA damage

Matkarimov, B. T., Zharkov, D. O. & Saparbaev, M. K., янв 2020, В : Mutagenesis. 35, 1, стр. 107-118 12 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Requirements for DNA bubble structure for efficient cleavage by helix-two-turn-helix DNA glycosylases

Makasheva, K. A., Endutkin, A. V. & Zharkov, D. O., янв 2020, В : Mutagenesis. 35, 1, стр. 119-128 10 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Self-cleaning photoactive cotton fabric modified with nanocrystalline TiO₂ for efficient degradation of volatile organic compounds and DNA contaminants

Solovyeva, M., Selishchev, D., Cherepanova, S., Stepanov, G., Zhuravlev, E., Richter, V. & Kozlov, D., 15 мая 2020, В : Chemical Engineering Journal. 388, 124167.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

2019

abstract OR-3: Fleeting ensembles: Transient protein-protein interactions in DNA repair

Жарков, Д. О., 2019, В : International Journal of Biomedicine. 9, S1, стр. 6-7 2 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья по материалам конференции

Открытый доступ

Antisense Oligonucleotides Immobilized on Silicon-Organic Nanoparticles as a Tool for Prolonged Correction of Hypertensive States

Levina, A. S., Repkova, M. N., Klimov, L. O., Ryazanova, M. A., Markel, A. L. & Zarytova, V. F., 15 мая 2019, В : Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 167, 1, стр. 116-119 4 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Are small nucleolar RNAs "cRISPRable"? A report on box C/D small nucleolar RNA editing in human cells

Filippova, J. A., Matveeva, A. M., Zhuravlev, E. S., Balakhonova, E. A., Prokhorova, D. V., Malanin, S. J., Mahmud, R. S., Grigoryeva, T. V., Anufrieva, K. S., Semenov, D. V., Vlassov, V. V. & Stepanov, G. A., 4 ноя 2019, В : Frontiers in Pharmacology. 10, 01246.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Открытый доступ

Base Excision DNA Repair Deficient Cells: From Disease Models to Genotoxicity Sensors

Kim, D. V., Makarova, A. V., Miftakhova, R. R. & Zharkov, D. O., 1 янв 2019, В : Current Pharmaceutical Design. 25, 3, стр. 298-312 15 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья

3 Цитирования (Scopus)

Conformational Dynamics of Damage Processing by Human DNA Glycosylase NEIL1

Kladova, O. A., Grin, I. R., Fedorova, O. S., Kuznetsov, N. A. & Zharkov, D. O., 15 мар 2019, В : Journal of Molecular Biology. 431, 6, стр. 1098-1112 15 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

2 Цитирования (Scopus)

Critical Sites of DNA Backbone Integrity for Damaged Base Removal by Formamidopyrimidine-DNA Glycosylase

Endutkin, A. V. & Zharkov, D. O., 18 июн 2019, В : Biochemistry. 58, 24, стр. 2740-2749 10 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Development of constructs based on the CRISPR/Cas9 system for studying the role of non-canonical mismatch repair in editing the epigenome

Kakhkharova, Z. I., Khantakova, D. V., Petrova, D. V. & Grin, I. R., июл 2019, В : FEBS Open Bio. 9, стр. 399-399 1 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

DNA lesions against genome editing: how Cas9 cleaves the substrates with damages

Vokhtantsev, I. P., Endutkin, A. V., Kulishova, L. M. & Zharkov, O., июл 2019, В : FEBS Open Bio. 9, стр. 397-397 1 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Effects of single-nucleotide polymorphisms in human NEIL2 gene on functional role in DNA repair

Kakhkharova, Z. I., Khantakova, D. V. & Grin, I. R., июл 2019, В : FEBS Open Bio. 9, стр. 157-158 2 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Guide RNA modification as a way to improve CRISPR/Cas9-based genome-editing systems

Filippova, J., Matveeva, A., Zhuravlev, E. & Stepanov, G., 1 дек 2019, В : Biochimie. 167, стр. 49-60 12 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья

2 Цитирования (Scopus)

Isoforms of base excision repair enzymes produced by alternative splicing

Boldinova, E. O., Khairullin, R. F., Makarova, A. V. & Zharkov, D. O., 3 июл 2019, В : International Journal of Molecular Sciences. 20, 13, 22 стр., 3279.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья

Открытый доступ

Mechanism of stimulation of DNA binding of the transcription factors by human apurinic/apyrimidinic endonuclease 1, APE1

Bazlekowa-Karaban, M., Prorok, P., Baconnais, S., Taipakova, S., Akishev, Z., Zembrzuska, D., Popov, A. V., Endutkin, A. V., Groisman, R., Ishchenko, A. A., Matkarimov, B. T., Bissenbaev, A., Le Cam, E., Zharkov, D. O., Tudek, B. & Saparbaev, M., 1 окт 2019, В : DNA Repair. 82, стр. 102698 102698.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

3 Цитирования (Scopus)

Observations on Protecting Groups in the Synthesis of Mono- and Triphosphates of Amino Alcohols

Sherstyuk, Y. V., Chalova, P. V., Silnikov, V. N. & Abramova, T. V., 4 мар 2019, В : Organic Preparations and Procedures International. 51, 2, стр. 182-191 10 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Photocleavable guide RNAs for controllable genome editing with CRISPR/Cas9 system

Novopashina, D., Khabardina, E., Vokhtantsev, I., Kim, D., Venyaminova, A. & Zharkov, D., июл 2019, В : FEBS Open Bio. 9, стр. 400-400 1 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Photoinduced inhibition of DNA repair enzymes and the possible mechanism of photochemical transformations of the ruthenium nitrosyl complex [RuNO(β-Pic)₂(NO₂)₂OH

Mikhailov, A. A., Khantakova, D. V., Nichiporenko, V. A., Glebov, E. M., Grivin, V. P., Plyusnin, V. F., Yanshole, V. V., Petrova, D. V., Kostin, G. A. & Grin, I. R., 11 дек 2019, В : Metallomics : integrated biometal science. 11, 12, стр. 1999-2009 11 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Platinum Polyoxoniobates Form Adducts with DNA

Yudkina, A. V., Sokolov, M. N., Abramov, P. A., Grin, I. R. & Zharkov, D. O., 1 ноя 2019, В : Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 45, 6, стр. 641-646 6 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Reading and misreading 8-oxoguanine, a paradigmatic ambiguous nucleobase

Yudkina, A. V., Shilkin, E. S., Endutkin, A. V., Makarova, A. V. & Zharkov, D. O., 1 мая 2019, В : Crystals. 9, 5, 31 стр., 269.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Открытый доступ

Reading Targeted DNA Damage in the Active Demethylation Pathway: Role of Accessory Domains of Eukaryotic AP Endonucleases and Thymine-DNA Glycosylases

Popov, A. V., Grin, I. R., Dvornikova, A. P., Matkarimov, B. T., Groisman, R., Saparbaev, M. & Zharkov, D. O., 20 дек 2019, В : Journal of Molecular Biology.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья

1 Цитирования (Scopus)

Relative Efficiency of Recognition of 5-Methylcytosine and 5-Hydroxymethylcytosine by Methyl-Dependent DNA Endonuclease GlaI

Petrova, D. V., Naumenko, M. B., Khantakova, D. V., Grin, I. R. & Zharkov, D. O., 1 ноя 2019, В : Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 45, 6, стр. 625-629 5 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Structural and biochemical insights of new atypical Fpg/Nei DNA-glycosylases

Yudkina, A., Garcia-Diaz, M. & Zharkov, D., июл 2019, В : FEBS Open Bio. 9, стр. 252-252 1 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Systems of Delivery of CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein Complexes for Genome Editing

Amirkhanov, R. N. & Stepanov, G. A., 1 ноя 2019, В : Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 45, 6, стр. 431-437 7 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья

The role of transient protein-protein interactions in base excision repair

Zharkov, D., июл 2019, В : FEBS Open Bio. 9, стр. 254-254 1 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Transient protein–protein complexes in base excision repair

Endutkin, A. V., Yudkina, A. V., Sidorenko, V. S. & Zharkov, D. O., 22 ноя 2019, В : Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 37, 17, стр. 4407-4418 12 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья

2 Цитирования (Scopus)

2018

2',3'-Dideoxyuridine triphosphate conjugated to SiO₂ nanoparticles: Synthesis and evaluation of antiproliferative activity

Vasilyeva, S. V., Grin, I. R., Chelobanov, B. P. & Stetsenko, D. A., 15 апр 2018, В : Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters. 28, 7, стр. 1248-1251 4 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

2 Цитирования (Scopus)

Aberrant repair initiated by the adenine-DNA glycosylase does not play a role in UV-induced mutagenesis in Escherichia coli

Zutterling, C., Mursalimov, A., Talhaoui, I., Koshenov, Z., Akishev, Z., Bissenbaev, A. K., Mazon, G., Geacintov, N. E., Gasparutto, D., Groisman, R., Zharkov, D. O., Matkarimov, B. T. & Saparbaev, M., 5 дек 2018, В : PeerJ. 6, 12, 23 стр., 6029.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

1 Цитирования (Scopus)

ANTISENSE CONTAINING NANOCOMPOSITES IN HYPERTENSION TREATMENT IN ISIAH RATS

Klimov, L., Ryazanova, M., Levina, A. & Markel, A., окт 2018, В : Journal of Hypertension. 36, стр. E18-E18 1 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Antisense oligonucleotides for the arterial hypertension mechanisms study and therapy

Klimov, L. O., Seryapina, A. A., Zarytova, V. F., Levina, A. S. & Markel, A. L., 1 янв 2018, В : Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 22, 2, стр. 240-247 8 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья

Brain as a potential target for antisense oligonucleotide treatment of hypertensive disease. Experimental study on the hypertensive ISIAH rat strain

Levina, A. S., Zarytova, V. F., Repkova, M. N., Klimov, O. L., Seryapina, A. A., Shikina, N. V., Shevelev, O. B. & Markel, A. L., дек 2018, В : Basic and Clinical Pharmacology and Toxicology. 124, стр. 6-7 2 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Characterization of biochemical properties of an apurinic/apyrimidinic endonuclease from Helicobacter pylori

Turgimbayeva, A., Abeldenov, S., Zharkov, D. O., Ishchenko, A. A., Ramankulov, Y., Saparbaev, M. & Khassenov, B., 15 авг 2018, В : PLoS ONE. 13, 8, стр. e0202232 26 стр., e0202232.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

2 Цитирования (Scopus)

Characterization of primary normal and malignant breast cancer cell and their response to chemotherapy and immunostimulatory agents

Nushtaeva, A. A., Stepanov, G. A., Semenov, D. V., Juravlev, E. S., Balahonova, E. A., Gerasimov, A. V., Sidorov, S. V., Savelyev, E. I., Kuligina, E. V., Richter, V. A. & Koval, O. A., 9 июл 2018, В : BMC Cancer. 18, 1, стр. 728 11 стр., 728.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

4 Цитирования (Scopus)

Methods of the synthesis of silicon-containing nanoparticles intended for nucleic acid delivery

Levina, A. S., Repkova, M. N., Ismagilov, Z. R. & Zarytova, V. F., 7 сен 2018, В : Eurasian Chemico-Technological Journal. 20, 3, стр. 177-194 18 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

NANOCOMPOSITE (SI-ODN-II), CONTAINING ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES TARGETED TO MRNA OF THE BETA-1-ADRENORECEPTORS FOR HYPERTENSION THERAPY IN RATS WITH STRESS-SENSITIVE ARTERIAL HYPERTENSION (ISIAH RATS)

Ryazanova, M., Klimov, L., Seryapina, A., Zarytova, V., Repkova, M., Levina, A. & Markel, A., окт 2018, В : Journal of Hypertension. 36, стр. E81-E82 2 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Non-agglomerated silicon-organic nanoparticles and their nanocomplexes with oligonucleotides: Synthesis and properties

Levina, A. S., Repkova, M. N., Shikina, N. V., Ismagilov, Z. R., Yashnik, S. A., Semenov, D. V., Savinovskaya, Y. I., Mazurkova, N. A., Pyshnaya, I. A. & Zarytova, V. F., 21 сен 2018, В : Beilstein Journal of Nanotechnology. 9, 1, стр. 2516-2525 10 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

2 Цитирования (Scopus)

Not only the active site: importance of remote interactions in the recognition of oxidative DNA lesions

Zharkov, D., июл 2018, В : FEBS Open Bio. 8, стр. 139-140 2 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Nucleotide modifications decrease innate immune response induced by synthetic analogs of snRNAs and snoRNAs

Stepanov, G., Zhuravlev, E., Shender, V., Nushtaeva, A., Balakhonova, E., Mozhaeva, E., Kasakin, M., Koval, V., Lomzov, A., Pavlyukov, M., Malyants, I., Zhorov, M., Kabilova, T., Chernolovskaya, E., Govorun, V., Kuligina, E., Semenov, D. & Richter, V., 2 ноя 2018, В : Genes. 9, 11, 18 стр., 531.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

6 Цитирования (Scopus)

Oxidative damage to epigenetically methylated sites affects DNA stability, dynamics and enzymatic demethylation

Gruber, D. R., Toner, J. J., Miears, H. L., Shernyukov, A. V., Kiryutin, A. S., Lomzov, A. A., Endutkin, A. V., Grin, I. R., Petrova, D. V., Kupryushkin, M. S., Yurkovskaya, A. V., Johnson, E. C., Okon, M., Bagryanskaya, E. G., Zharkov, D. O. & Smirnov, S. L., 16 ноя 2018, В : Nucleic Acids Research. 46, 20, стр. 10827-10839 13 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

5 Цитирования (Scopus)

Residue coevolution reveals functionally important intramolecular interactions in formamidopyrimidine-DNA glycosylase

Endutkin, A. V., Koptelov, S. S., Popov, A. V., Torgasheva, N. A., Lomzov, A. A., Tsygankova, A. R., Skiba, T. V., Afonnikov, D. A. & Zharkov, D. O., 1 сен 2018, В : DNA Repair. 69, стр. 24-33 10 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

1 Цитирования (Scopus)

Variable termination sites of DNA polymerases encountering a DNA–protein cross-link

Yudkina, A. V., Dvornikova, A. P. & Zharkov, D. O., 1 июн 2018, В : PLoS ONE. 13, 6, стр. e0198480 17 стр., 0198480.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

1 Цитирования (Scopus)

2017

Aberrant base excision repair pathway of oxidatively damaged DNA: Implications for degenerative diseases

Talhaoui, I., Matkarimov, B. T., Tchenio, T., Zharkov, D. O. & Saparbaev, M. K., 1 июн 2017, В : Free Radical Biology and Medicine. 107, стр. 266-277 12 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья

12 Цитирования (Scopus)

Correlated target search by uracil-DNA glycosylase in the presence of bulky adducts and DNA-binding ligands

Mechetin, G. V., Dyatlova, E. A., Sinyakov, A. N., Ryabinin, V. A., Vorobjev, P. E. & Zharkov, D. O., 1 янв 2017, В : Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 43, 1, стр. 23-28 6 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Dihydroartemisinin counteracts fibrotic portal hypertension via farnesoid X receptor-dependent inhibition of hepatic stellate cell contraction

Endutkin, A., Popov, A., Yudkina, A., Makasheva, K., Afonnikov, D., Simmerling, C. & Zharkov, D., 1 янв 2017, В : FEBS Journal. 284, 1, стр. 114-133 20 стр.

Результат исследования: Научные публикации в периодических изданиях › статья

Открытый доступ

10 Цитирования (Scopus)